国家知识产权局专利局专利审查协作湖北中心设12个处级内设机构：

办公室

负责文秘和宣传工作；负责行政事务、物资采购和后勤保障工作；负责信息化建设和自动化设备的运行、维护及管理工作；负责安全保卫、消防和保密工作；负责处理突发事件；完成领导交办的其他工作。

党委（纪委）办公室

负责组织、宣传、培训和统战工作；负责党员和党务干部的日常教育、管理、培训及党员发展工作；负责纪检监察和信访工作；负责工、青、妇等群众组织工作；完成领导交办的其他工作。

人力资源部

负责制定人事、劳资等方面的规章制度和管理办法；负责制定并组织实施人员招聘计划；负责干部的聘任、培训和管理工作；负责人员调配、考核、合同和人事档案管理工作；负责专业技术职务、等级审查员和等级职员的评聘工作；负责薪酬、社会保障和住房公积金管理工作；完成领导交办的其他工作。

财务部

负责制定财务收支计划并监督执行；负责编报经费预算和决算；负责制定和实施财务管理制度；负责税金缴纳工作；负责财务文件和财务档案管理；负责资产管理；完成领导交办的其他工作。

审查业务部

负责制定业务发展规划和年度审查计划；负责审查业务、审查质量的管理与协调；负责制定并组织实施培训计划；负责审查业务研究、专利技术分析研究和相关政策研究；完成领导交办的其他工作。

机械发明审查部、电学发明审查部、通信发明审查部、医药生物发明审查部、化学发明审查部、光电技术发明审查部、材料工程发明审查部

负责相关技术领域专利申请的实质审查；负责PCT申请的国际检索和国际初审；完成领导交办的其他工作。根据工作需要，处级内设机构可设室。